Büyük İskender, dünyayı fethetmek üzere çıktığı o uzun yolculuğu sırasında, yolu bir balıkçı kasabasına düşer. Günbatımını, bu balıkçı kasabasında seyreden Büyük İskender, yanına komutanlarını çağırarak, hemen buraya dönemin en büyük ve kapsamlı bir Bilim merkezi ve kütüphane kurulmasını, bu balıkçı kasabasının adının da bundan sonra İskenderiye olması emrini verir.

Mısır’a bağlı bir şehir olan İskenderiye, artık içerisinde büyük bir bilim merkezi ve kapsamlı bir Kütüphanesi olan bir bilim şehridir. Kendi zamanının en önemli Matematikçisi ve bilim insanlarından olan İskenderiyeli Theon bu merkezin başındadır.
İskenderiyeli Hypatia, Theonun kızıdır. Hypatia’nın bütün çocukluğu babası Theon’la birlikte matematik işlemleri ve el yazmaları arasında geçer. Bazı geceler Theon, küçük Hypatiayı yanına alarak yıldızları seyretmeye götürür. Hypatia, büyük bir hayranlık içerisinde seyreder yıldızları. Babası Theon’a dönerek
“Baba, yıldızlar ne kadar parlak ve uzaklar değil mi?” diye, hayranlıkla sorar. 
“Theon, evet Hypatia, evet sevgili kızım, yıldızlar çok parlak ve uzaklar. Eğer sen; her zaman merak eder, soru sorar ve araştırırsan kim bilir? Belki sen de o yıldızlardan birisi olabilirsin” 
Zaman ilerledikçe Hypatia, çok iyi bir matematikçi, filozof ve astronom olarak ünü dünyaya yayılır. İskenderiye’nin de en güzel kadınlarından biridir. Babası Theonla birlikte, İskenderiye kütüphanesinde dersler verir, öğrenciler yetiştirir. Dünyanın pek çok ülkesinden bilim insanları Hypatia ile fikirlerini konuşmak, onu tanımak için İskenderiye kütüphanesine gelir, kendi araştırmalarını kütüphaneye kaydettirirlerdi. 
Kadının, bir mal gibi alınıp satıldığı, hiçbir söz hakkının olmadığı bir toplumda Hypatia, ata biniyor, dans ediyor, İskenderiye’nin ileri gelenlerine dersler veriyor, saygı görüyor, bütün evlilik tekliflerini reddediyor ben felsefe ile evliyim diyordu.
İskenderiye valisi Orastes, Hypatianın öğrencisi, en yakın dostu olduğu kadar Hypatiaya olan aşkı da bütün İskenderiye’nin dilindeydi. Defalarca Hypatiaya evlilik teklif etmiş, reddedilmiş olmasına rağmen, Theon öldükten sonrada Hypatianın hep yanında olmuş, mevkisini tehlikeye atma pahasına onu korumuştur.
Hypatia, öğrencilerine her zaman, bizi birleştiren şeyler, ayrıştıran şeylerden daha fazla. Neye inanırsanız inanın, her zaman, soru sorun, kuşku duyun ve araştırın, dogmatik düşüncelere saplanıp kalmamalarını öğütlerdi. Hypatianın, bu kendine olan özgüveni, bir kadın olarak güzelliği, asiliği, sorgulamacı doğası, Hıristiyanlığı, İskenderiye’de yaymaya çalışan, başpiskopos Cyril’in hiç hoşuna gitmiyor, Hypatiayı Hristiyanlığın yayılmasında engel olarak görüyordu. İskenderiye’nin ileri gelenlerinin Hypatianın öğrencisi olması, Hypatiaya saygı duyması ve sözünün geçmesi Cyril’ın işini zorlaştırıyordu. Hristyanları kışkırtarak, iki kere İskenderiye kütüphanesini yaktırması bile Hypatia’ya geri adım attırmamış aksine Hypatia dünyanın yörüngesinin Elips olduğunu kanıtlayarak, başpiskoposa meydan okumuştur. İskenderiyede, Hıristiyanlığın yayılarak, bilimin, felsefenin, metematiğin, İnsanın sorgulama yetisinin ortadan kalkmasının tek yolu Hypatianında ortadan kalkması gerektiğin düşünen Başpikopos Cyril, halkı Hypatiaya karşı kışkırtarak, Hypatianın bir büyücü olduğunu, bütün ileri gelenleri etkisi altına aldığını Hristiyanların İskenderiye de varolması için Hypatianın ölmesi gerektiğini söyleyerek, Hypatia, dünyanın yörüngesinin elips olduğunu kanıtladığı belgeleri İskenderiye kütüphanesine kaydetmek üzere yola çıktığı sırada yakalatarak bir kiliseye götürüp orada aşağılanarak katledilmesini ister.
Hypatia, katledilmek üzere kiliseye götürüldüğü sırada, hypatianın öğrencilerinden, Deyvus ta saldırganlar arasındadır. Deyvusta âşıktır Hypatiaya ve hypatia bunu bilir. Kilisede çırılçıplak soymuşlardır Hypatiayı, Öğrencisi Deyvusun yüzüne bakmaktan utanarak ona şöyle seslenir.
“Deyvus  akıllı çocuk, sen asla onlarda olamazsın.” Elindeki, son araştırmasını Deyvusun eline tutuşturarak, “Deyvus buldum, en sonunda Dünyanın yörüngesinin elips olduğunu buldum. Bu araştırmayı kütüphaneye kaydettir ve beni onların eline bırakmadan sen öldürmelisin” diye son kez rica eder. Deyvus, az sonra büyük hayranlık duyduğu hocası Hypatianın başına neler geleceğini bildiğinden, o acılara katlanmasını istemediğinden Hypatianın son ricasını kabul ederek, gözyaşları içerisinde Hypatianın eliyle ağzını ve burnunu kapatarak nefessiz kalmasını sağlar. Gözü dönmüş kalabalık geldiğinde Hypatia artık yaşamıyordur. Ona rağmen, Hypatianın cansız bedenini istiridye kabukları ile parçalara ayırırlar, yetmezmiş gibi ateşe verirler her bir parçasını...
Bugün, birçok matematik denkleminin bulunmasında, dünyanın yörüngesinin bulunmasında söz sahibi olduğu gibi, yeni Plâtoncularında temsilcilerindendir. Cyrillar hala günümüzde, bilimi, felsefeyi, filozofları, ağaçları, çocukları, kadınları, güzel olan her şeyi, düşünen her şeyi yakmaya, yok etmeye devam ediyor. Kulaklarımızda Hypatianın sesi, hala; “Yanlışta olsa düşünmek, hiç düşünmemekten daha iyidir. Soru sor kuşku duy ve araştır” diyerek gülümsüyor.